Камчатская область (вошла в Камчатский край)
Пермская область (вошла в Пермский край)
Читинская область  (вошла в Забайкальский край)
Агинский Бурятский автономный округ  (вошел в Забайкальский край)
Таймырский (Долгано-Ненецкий) автономный округ  (вошел в Красноярский край)
Коми-Пермяцкий автономный округ  (вошел в Пермский край)
Усть-Ордынский Бурятский автономный округ  (вошел в Иркутскую обл.)
Эвенкийский автономный округ  (вошел в Красноярский край)

С распадом СССР прошёл парад суверенитетов, обусловивший конфликт законодательств РСФСР и республик в её составе.
Все Советские Социалистические Республики в составе РСФСР (до мая 1991 года — АССР) стали республиками.
Автономные области — Адыгейская, Горно-Алтайская, Карачаево-Черкесская и Хакасская преобразованы в республики.
Были переименованы области: Горьковская в Нижегородскую, Калининская в Тверскую и Куйбышевская в Самарскую.
Поскольку все автономные округа получили возможность выхода из состава областей и краев посредством принятия соответствующего закона, Чукотский автономный округ вышел из состава Магаданской области.
Чечено-Ингушская АССР разделилась на 2 республики: Чеченскую Республику и Ингушетию.
Города республиканского подчинения РСФСР Москва и Санкт-Петербург (прежде — город Ленинград) были преобразованы в города федерального значения.
31 марта 1992 года регионы Российской Федерации (за исключением Татарстана и Чечено-Ингушетии («Ичкерии») подписали договоры о разграничении предметов ведения и полномочий между федеральными и региональными органами государственной власти — федеративный договор, который был включён в действовавшую конституцию.
С принятием новой Конституции Российской Федерации 1993 года все республики, края, области, автономные округа, города Москва и Санкт-Петербург, а также Еврейская автономная область (вышла из состава Хабаровского края) стали равноправными субъектами Российской Федерации.
Сокольский район Ивановской области (2 100 км²) перешёл в состав Нижегородской области.
7 декабря 2003 года был проведён референдум по объединению Пермской области и Коми-Пермяцкого АО в Пермский край. Предложение об объединении одобрено подавляющим большинством голосов. Объединение вступило в силу 1 декабря 2005 года.
17 апреля 2005 года был проведён референдум по присоединению Таймырского и Эвенкийского АО к Красноярскому краю. Предложение о присоединении одобрено подавляющим большинством голосов. Объединение вступило в силу 1 января 2007 года.
23 октября 2005 года был проведён референдум по объединению Камчатской области и Корякского АО в Камчатский край. Предложение об объединении одобрено подавляющим большинством голосов. Объединение вступило в силу 1 июля 2007 года.
16 апреля 2006 года был проведён референдум по присоединению Усть-Ордынского Бурятского АО к Иркутской области. Предложение о присоединении одобрено подавляющим большинством голосов. Объединение вступило в силу 1 января 2008 года.
11 марта 2007 года был проведён референдум по объединению Читинской области и Агинского Бурятского АО в единый Забайкальский край. Предложение об объединении одобрено подавляющим большинством голосов. Объединение вступило в силу 1 марта 2008 года.
2010-е
1 июля 2012 года территория города Москвы увеличена в 2,4 раза за счёт сопредельных районов Московской области.
18 марта 2014 года на Крымском полуострове были образованы Республика Крым и город федерального значения Севастополь.